L'Université de Nautia est une des plus vieilles structures de Nautia. Elle hérite d'une tradition remontant à près de 10 siècles , meme si l'organisation actuelle a profondément été modifiée depuis seulement l'année 1999 .

De mars 2000 à mai 2001, l'Université a été régie par la loi  Condorcet. L'Université a alors fonctionné comme elle le pouvait jusqu'au vote de la loi Université 2003 en décembre 2002. En janvier 2006, la loi université 2006 pose de nouvelles grandes réformes dans son fonctionnement.

L'Université de Nautia est une fédération d'instituts universitaires qui gardent leur entière autonomie en ce qui concerne l'organisation des enseignements et de la recherche, mais qui acceptent des règles communes  et reconnaissent les décisions et délibérations du collège de l'Université et de sa présidence .

En Août 2004, l'Ecole d'Apprentissage de la Vie Nautienne du Clos Matthieu (EAVNCM) a été placée de par ses statuts sous la tutelle de l'Université de Nautia. Cette école n'a cependant pas le statut d'un institut universitaire au sens de la loi Université 2003, en conséquence de quoi, le directeur de cette école n'a pas les pouvoirs des doyens, et n'est pas représenté au collège de l'Université.

Si vous souhaitez venir étudier à l'Université de Nautia, le mieux est de prendre contact avec le doyen de l'institut qui vous intéresse. A ce jour, les instituts n'ont pas d'obligations d'évaluer les travaux universitaires qui leur sont remis, mais sous certaines conditions, certains le font.

 Il n'existe plus de diplômes de l'Université de Nautia mais des titres remis par des professeurs ou par les doyens des instituts de licenciés, docteurs et professeurs.

L'Université de Nautia a organisé chaque année en 2003 et 2004 le colloque de l'Université de Nautia , qui est une des plus importante manifestation scientifique du micromonde. Elle a pour but de réunit chaque année une trentaine d'universitaires de tous les pays, devant une quinzaine de présentations de travaux de recherches.

En 2005, le colloque a été remplacé par le séminaire Nautia-CSH.